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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Florestas. |
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Data corrente: |
23/07/2021 |
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Data da última atualização: |
23/07/2021 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
LÜHRS, L.; SOUSA, V. A. de; ROSSINI, B. C.; KESTRING, D. R.; AGUIAR, A. V. de. |
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Afiliação: |
LARISSA LÜHRS, Bolsista Embrapa Florestas; VALDERES APARECIDA DE SOUSA, CNPF; BRUNO CÉSAR ROSSINI, UNIVERSIDADE ESTADUAL PAULISTA; DAIANE RIGONI, CNPF; ANANDA VIRGINIA DE AGUIAR, CNPF. |
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Título: |
Identificação de microssatélites e síntese de primes para erva-mate a partir de programas de bioinformática. |
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Ano de publicação: |
2021 |
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Fonte/Imprenta: |
In: EVENTOS ARAUCÁRIA: PESQUISA, INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA SISTEMAS DE PRODUÇÃO, ERVA-MATE XXI: INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA O SETOR ERVATEIRO, 2020, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2021. |
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Páginas: |
p. 50. |
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Série: |
(Embrapa Florestas. Documentos, 344). |
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Idioma: |
Português |
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Notas: |
Resumo. |
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Conteúdo: |
A erva-mate (Ilex paraguariensis S. T. Hill) gera o produto florestal não madeireiro mais importante do agronegócio da região Sul do Brasil. A demanda internacional pela erva-mate vem aumentando, favorecendo o desenvolvimento da sua produção e competitividade. A caracterização genética é indispensável para o estabelecimento de estratégias de conservação e melhoramento genéticos para essa espécie. Atualmente, diferentes ferramentas genômicas estão disponíveis para desenvolvimento de marcadores moleculares, sendo os microssatélites, ou SSRs (sequências simples repetidas) uma das mais utilizadas no estudo genético de populações. Assim, o objetivo desde trabalho foi identificar e desenvolver microssatélites para erva-mate. O DNA de um indivíduo foi utilizado para realizar, a partir da plataforma Illumina-Miseq, um total de 12.933.970 leituras. Para a sua identificação, foram utilizados diferentes programas: PERF, SSR_pipeline e Primer3Plus. Com o auxílio do PERF, foram analisadas as sequências (em arquivo fasta), totalizando 17.715 ocorrências repetidas para variados números de motifs repetidos. O SSR_pipeline utilizou outros arquivos de entrada (fastq) com 12.933.970 leituras e identificou inúmeros SSRs. Assim, associando os resultados dos dois programas, pares de primers flanqueando os microssatélites foram desenhados no Primer3Plus para 18 marcadores. Alguns parâmetros especificados foram: tamanhos, temperaturas e porcentagem de GC (mínimos, ideais e máximos). Seis potenciais marcadores identificados serão validados para a confecção dos iniciadores para esta espécie. Essa ferramenta deverá ser aplicada para análises genéticas diversas, na caracterização genética de populações naturais e sintéticas e em bancos de germoplasma. Novos recursos de bioinformática poderão ser explorados para essa mesma finalidade. MenosA erva-mate (Ilex paraguariensis S. T. Hill) gera o produto florestal não madeireiro mais importante do agronegócio da região Sul do Brasil. A demanda internacional pela erva-mate vem aumentando, favorecendo o desenvolvimento da sua produção e competitividade. A caracterização genética é indispensável para o estabelecimento de estratégias de conservação e melhoramento genéticos para essa espécie. Atualmente, diferentes ferramentas genômicas estão disponíveis para desenvolvimento de marcadores moleculares, sendo os microssatélites, ou SSRs (sequências simples repetidas) uma das mais utilizadas no estudo genético de populações. Assim, o objetivo desde trabalho foi identificar e desenvolver microssatélites para erva-mate. O DNA de um indivíduo foi utilizado para realizar, a partir da plataforma Illumina-Miseq, um total de 12.933.970 leituras. Para a sua identificação, foram utilizados diferentes programas: PERF, SSR_pipeline e Primer3Plus. Com o auxílio do PERF, foram analisadas as sequências (em arquivo fasta), totalizando 17.715 ocorrências repetidas para variados números de motifs repetidos. O SSR_pipeline utilizou outros arquivos de entrada (fastq) com 12.933.970 leituras e identificou inúmeros SSRs. Assim, associando os resultados dos dois programas, pares de primers flanqueando os microssatélites foram desenhados no Primer3Plus para 18 marcadores. Alguns parâmetros especificados foram: tamanhos, temperaturas e porcentagem de GC (mínimos, ideais e máximos). Seis pote... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Erva-mate. |
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Thesagro: |
Banco de Germoplasma; Ilex Paraguariensis. |
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Categoria do assunto: |
K Ciência Florestal e Produtos de Origem Vegetal |
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URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/224637/1/EmbrapaFlorestas-2021-AnaisErvamateEAraucaria-Documentos344-pg50.pdf
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Florestas (CNPF) |
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Biblioteca |
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| Registros recuperados : 7 | |
| 1. |  | LÜHRS, L.; SOUSA, V. A. de; ROSSINI, B. C.; KESTRING, D. R.; AGUIAR, A. V. de. Identificação de microssatélites e síntese de primes para erva-mate a partir de programas de bioinformática. In: EVENTOS ARAUCÁRIA: PESQUISA, INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA SISTEMAS DE PRODUÇÃO, ERVA-MATE XXI: INOVAÇÃO E TECNOLOGIAS PARA O SETOR ERVATEIRO, 2020, Colombo. Anais. Colombo: Embrapa Florestas, 2021. p. 50. (Embrapa Florestas. Documentos, 344). Resumo.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 2. | | PEREIRA NETO, L. G.; ROSSINI, B. C.; MARINO, C. L.; TOOROP, P. E.; SILVA, E. A. A. Comparative seeds storage transcriptome analysis of Astronium fraxinifolium Schott, a threatened tree species from Brazil. International Journal of Molecular Sciences, v. 23, n. 22, 13852, Nov. 2022.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 4. | | PUPIN, S.; NUNES, A. C. P.; RESENDE, M. D. V. de; ROSSE, L. N.; MARINO, C. L.; ROSSINI, B. C.; SEBBENN, A. M.; MORAES, M. L. T. de. Genomic selection in a seedling seed orchard of the Eucalyptus urophylla using microsatellite markers. In: EUCALYPT GENETICS: Fundamental and Applied Research in a Post-Genome Era, 2019, Hobart. Abstracts. Hobart: University of Tasmania, 2019. p. 69.| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 5. | | CORNACINI, M. R.; ALCANTARA, M. A. M.; SILVA, J. R. da; CORRÊA, A. J. M.; CAMBUIM, J.; MANOEL, R. de O.; ALVES, P. F.; ROSSINI, B. C.; AGUIAR, A. V. de; MORAES, M. L. T. de; MARINO, C. L. Florescimento em teste de procedência e progênies de Astronium fraxinifolium Schott (Anacardiaceae) em três eventos reprodutivos. In: FELSEMBURGH, C. A. (org.). A produção do conhecimento na engenharia florestal. Ponta Grossa: Atena, 2020. cap. 9. p. 82-91.| Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
| Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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| 6. | | CORNACINI, M. R.; MANOEL, R. O.; ALCANTARA, M. A. M.; MORAES, M. L. T.; SILVA, E. A. A.; PEREIRA NETO, L. G.; SEBBENN, A. M.; ROSSINI, B. C.; MARINO, C. L. Detection and application of novel SSR markers from transcriptome data for Astronium fraxinifolium Schott, a threatened Brazilian tree species. Molecular Biology Reports, 2021.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Pesca e Aquicultura. |
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| 7. | | AGATA, K.; ALASAAD, S.; ALMEIDA-VAL, V. M. F.; ÁLVAREZ-DIOS, J. A.; BARBISAN, F.; BEADELL, J. S.; BELTRÁN, J. F.; BENÍTEZ, M.; BINO, G.; BLEAY, C.; BLOOR, P.; BOHLMANN, J.; BOOTH, W.; BOSCARI, E.; CACCONE, A.; CAMPOS, T. de; CARVALHO, B. M.; CLIMACO, G. T.; CLOBERT, J.; CONGIU, L.; COWGER, C.; DIAS, G.; DOADRIO, I.; FARIAS, I. P.; FERRAND, N.; FREITAS, P. D.; FUSCO, G.; GALETTI, P. M.; GALLARDO-ESCÁRATE, C.; GAUNT, M. W.; OCAMPO, Z. G.; GONÇALVES, H.; GONZALEZ, E. G.; HAYE, P.; HONNAY, O.; HYSENI, C.; JACQUEMYN, H.; JOWERS, M. J.; KAKEZAWA, A.; KAWAGUCHI, E.; KEELING, C. I.; YE-SEUL, K.; LA SPINA, M.; WAN-OK, L.; LESNIEWSKA, M.; YANG, L.; HAIXIA, L.; XIAOLIN, L.; LOPES, S.; MARTÍNEZ, P.; MEEUS, S.; MURRAY, B. W.; NUNES, A. G.; OKEDI, L. M.; OUMA, J. O.; PARDO, B. G.; PARKS, R.; PAULA-SILVA, M. N.; PEDRAZA-LARA, C.; PERERA, O. P.; PINO-QUERIDO, A.; RICHARD, M.; ROSSINI, B. C.; SAMARASEKERA, N. G.; SÁNCHEZ, A.; SANCHEZ, J. A.; SANTOS C. H. dos A.; SHINOHARA, W.; SORIGUER, R. C.; SOUSA, A. C. B.; SOUSA, C. F. da S.; STEVENS, V. M.; TEJEDO, M.; VALENZUELA-BUSTAMANTE, M.; VLIET, M. S. V. de; VANDEPITTE, K.; VERA, M.; WANDELER, P.; WEIMIN, W.; YONG-JIN, W.; YAMASHIRO, A.; YAMASHIRO, T.; CHANGCHENG, Z. Permanent genetic resources added to molecular ecology. Resources database 1 December 2010-31 January 2011. Molecular Ecology Resources, Oxford, v. 11, n. 3, p. 935-936, May 2011.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 2 |
| Biblioteca(s): Embrapa Acre. |
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| Registros recuperados : 7 | |
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